Em 6 de abril de 1579, o nobre Gonçalo Gonçalves recebia do Governador da Capitania do Rio de Janeiro a sesmaria localizada às margens do rio Imboaçu, e teria o dever de construir uma capela e um povoado no período de três anos. Ele construiu uma capela com o santo de sua devoção - São Gonçalo D'Amarante. Contudo, esta data é imprecisa, sendo alvo de debates entre historiadores da cidade.
Presume-se que o local tenha sido onde hoje está a Igreja Matriz de São Gonçalo, no bairro Zé Garoto. A praça Stephanea de Carvalho (popularmente conhecida como Praça do Zé garoto) seria o Marco-Zero da cidade, pois a vila de São Gonçalo existia onde agora está o bairro homônimo.
Nos seus inícios, no século XVI, a região onde está São Gonçalo era habitada pelos índios Tamoios, na região de Itaoca. Seu desmembramento, iniciado no final do século XVI, foi efetuado pelos jesuítas que, no começo do século XVII, instalaram uma fazenda na área conhecida como Colubandê, às margens da atual rodovia RJ-104. A sede da fazenda foi preservada e hoje é sede do batalhão de polícia florestal da Polícia Militar do Estado do Rio de Janeiro.
Em 1646, foi alçada à categoria de paróquia, já que, segundo registros da época, a localidade-sede ocupava uma área de 52 km², com aproximadamente seis mil habitantes, sendo transformada em freguesia. Visando a facilidade de comunicação, a sede da sesmaria foi posteriormente transferida para as margens do Rio Imboaçu, onde foi construída uma segunda capela, monumento atualmente restaurado. O conjunto de marcos históricos remanescentes do século XVII inclui a fazenda Nossa Senhora da Boa Esperança, em Ipiíba, e a propriedade do capitão Miguel Frias de Vasconcelos, no Engenho Pequeno. A capela de São João, Porto do Gradim, e a Fazenda da Luz, em Itaoca, são lembranças de um passado colonial em São Gonçalo.
Em 1860, 30 engenhos já estavam exportando através dos portos de Guaxindiba, Boaçu, Porto Velho, e Pontal de São Gonçalo. Dessa época, as fazendas do Engenho Novo e Jacaré (1800), ambas de propriedade do Barão de São Gonçalo, o Cemitério de Pachecos (1842) e a propriedade do Conde de Baurepaire Rohan, na Covanca (1820), são os elementos mais importantes. São Gonçalo contava até o século XX com cerca de 12 portos que exportavam produtos do Estado para a Corte.
Em 22 de setembro de 1890, o Distrito de São Gonçalo é emancipado politicamente e desmembrado de Niterói, através do decreto estadual nº 124. Em 1892, o decreto nº 1, de 8 de maio, suprime o município de São Gonçalo, reincorporando-o a Niterói pelo breve período de sete meses, sendo restaurado pelo decreto nº 34, de 7 de dezembro do mesmo ano. Em 1922, o decreto 1797 concede-lhe novamente foros de cidade, revogada em 1923, fazendo a cidade baixar à categoria de vila. Finalmente, em 1929, a Lei nº 2335, de 27 de dezembro, concede a categoria de cidade a todos as sedes do município.
A partir, então, do ano de 1929, o Município de São Gonçalo inicia, de forma mais tranquila, sua trajetória rumo ao progresso e ao sucesso.
Em 1943, ocorre nova divisão territorial no estado do Rio de Janeiro e desta vez, São Gonçalo perde o Distrito de Itaipu para o município de Niterói, restando-lhe apenas cinco distritos, quais sejam: São Gonçalo (sede), Ipiíba, Monjolo, Neves e Sete Pontes que permanecem até os dias atuais.
Neste mesmo período, nas décadas de 1940 e 1950, inicia-se a instalação, em grande escala, de grandes fábricas e indústrias em São Gonçalo. Seu parque industrial era o mais importante do Estado, o que lhe valeu o apelido de "Manchester Fluminense", pois não havia nenhum desempregado na cidade.
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